@ 珍しいポケモン

ゲーム中に1匹しか捕まえられないポケモン(たまご未発見)

レジロック
レジアイス
レジスチル
グラードン
カイオーガ
レックウザ
ラティオス または ラティアス

エメラルド限定ポケモン

バトルフロンティア(殿堂入り後)

ウソッキー(右端で木のふりをしている。「ホエルコじょうろ」を使うと戦闘開始)
ドーブル(ウソッキーが居たすぐ下の水面から「なみのり」で進んだ先にある洞窟「アトリエのあな」に生息)

サファリゾーン(殿堂入り後)

ホーホー
レディバ
イトマル
メリープ
エイパム
ヒマナッツ
ウパー
ヌオー
クヌギダマ
グライガー
ブルー
ツボツボ
ヒメグマ
テッポウオ
オクタン
デルビル
オドシシ
ミルタンク

ホウエン図鑑を完成

ホウエンNo.001〜200までのポケモンをポケモン図鑑に登録後、
ミシロタウンのオダマキ博士に見せる。

チコリータ
ワニノコ
ヒノアラシ

イベントなどで手に入るポケモン

ジラーチ
デオキシス
ラティオス(サファイアのみ。イベントで配布されたむげんのチケットで行けるみなみのことうに出現)
ラティアス(ルビーのみ。イベントで配布されたむげんのチケットで行けるみなみのことうに出現)