ファイヤー（ともしびやま頂上）
サンダー（むじんはつでんしょ）
フリーザー（ふたごじま地下４階）
ミュウツー（ハナダのどうくつ地下１階）
エンテイ（最初にフシギダネを選んで、図鑑を全国モードにしたとき、ランダムに草むらに出現）
スイクン（最初にヒトカゲを選んで、図鑑を全国モードにしたとき、ランダムに草むらに出現）
ライコウ（最初にゼニガメを選んで、図鑑を全国モードにしたとき、ランダムに草むらに出現）
■ファイアレッド限定
アーボ（アーボック）
ナゾノクサ（クサイハナ・ラフレシア・キレイハナ）
コダック（ゴルダック）
ガーディ（ウインディ）
シェルダー（パルシェン）
エレブー（エレキッド）
ストライク（ハッサム）
ウパー（ヌオー）
ヤミカラス
ハリーセン
デリバード
エアームド
■リーフグリーン限定
サンド（サンドパン）
ロコン（キュウコン）
マダツボミ（ウツドン・ウツボット）
ヤドン（ヤドラン・ヤドキング）
ヒトデマン（スターミー）
ブーバー（ブビィ）
カイロス
マリル（ルリリ・マリルリ）
ムウマ
ニューラ
テッポウオ（オクタン）
マンタイン